Universitas Maritim Raja Ali Haji memiliki pelbagai program Studi Sarjana dan Pascasarjana yang tersebar di Enam Fakultas dan Program Pascasarjana.
Program Sarjana S1
Fakultas Teknik dan Teknologi Kemaritiman
- Teknik Informatika
- Teknik Elektro
- Teknik Perkapalan
- Kimia
- Teknik Industri
- Teknik Sipil
- Perencanaan Wilayah dan Kota
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Maritim
Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan
- Ilmu Kelautan
- Manajemen Sumberdaya Perairan
- Budidaya Perairan
- Teknologi Hasil Perikanan
- Sosial Ekonomi Perikanan
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
- Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia
- Pendidikan Bahasa Inggris
- Pendidikan Matematika
- Pendidikan Biologi
- Pendidikan Kimia
- Pendidikan Profesi Guru (Profesi)
Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
- Ilmu Pemerintahan
- Administrasi Publik
- Sosiologi
- Ilmu Hukum
- Hubungan Internasional
- Kajian Film, Televisi, dan Media
Fakultas Kedokteran
- Kedokteran
- Pendidikan Profesi Dokter